GPU и OpenACC ускоряют ведущее приложение геномики для быстрого создания жизненно важных лекарств

NVIDIA объявила о том, что новый стандарт программирования OpenACC позволил китайским ученым значительно ускорить работу приложения по геномике DNADist, которое используется на ранних стадиях разработки лекарств от таких генетических заболеваний, как синдром Дауна, гемофилия, муковисцидоз и серповидно-клеточная анемия. С помощью OpenACC компилятора от CAPS исследователи из Шанхайского Университета Цзяотун в 16 раз ускорили приложение DNADist в системе на базе графического процессора NVIDIA Tesla, добавив в код приложения всего четыре директивы.


DNADist, приложение для расчета матриц расстояний и изучения генетической связи между различными видами ДНК во времени, позволяет ученым извлекать информацию из последовательностей ДНК при считывании нуклеотидных последовательностей, чтобы лучше понять причины наследственных заболеваний и быстрее найти способы их лечения. Ускорив работу приложения DNADist, ученые смогут изучить больше данных и быстрее получить ценную информацию для поиска более эффективных способов лечения болезни. OpenACC, стандарт программирования для параллельных вычислений с помощью директив, позволяет миллионам ученых во всем мире направить огромную мощь графических процессоров на свои исследования. Пользователи, как с опытом параллельного программирования, так и без него, получают очень простой способ ускорения своих исследований с помощью знакомых им моделей программирования. OpenACC обеспечивает революционное ускорение работы приложений при минимальных усилиях исследователей и программистов. С помощью OpenACC Roche, одна из крупнейших фармацевтических компаний мира, получила возможность изучать и разрабатывать более эффективные лекарства быстрее и дешевле. Все больше ученых и инженеров используют компиляторы с поддержкой OpenACC и гибридные системы на базе CPU/GPU для ускорения разнообразных приложений, включая САПР, автоматизирование управление, обработку изображений, материаловедение, молекулярную динамику, квантовую химию и многие другие. Во многих случаях пользователи заявляют о 5-10-кратном приросте скорости и даже больше всего за пару часов работы.